1981年，王恩茂重返新疆维吾尔自治区党委机关，整整离开这块他投身奋斗的土地12年。在他心中，新疆早已不仅是工作地点，更是他心血倾注的第二故乡。自1949年新疆和平解放以来，他的牵挂便悄然萌生。彼时，随着部队进入新疆，表面宁静之下却隐藏着旧势力的活动和潜在的挑战，尤其南疆地区的治安形势复杂，群众对新政权的认知也亟需一个过程。王恩茂的任务因此明确：维护社会秩序，恢复经济生产，建立当地的基层政权。他决意不让工作流于形式，而是深入村寨，了解各族人民的生活状况。他详细记录了粮食、水源和交通等问题，努力寻找解决办法。新疆的问题不仅仅因其地域广阔，更在于干旱少雨和交通不便，使得粮食供应成为军民生活的关键。王恩茂意识到驻军务必要自主生产，地方也必须尽快建立稳定的农业基础。1950年，驻疆部队开始大规模参与生产建设活动，王恩茂和战士们一起开荒、修渠和播种，白天在田野中劳作，晚上处理政务。这不仅仅是简单的劳动安排，更是军队在边疆保卫与建设中角色转换的表现。尽管有人怀疑新疆土地的贫瘠，但王恩茂始终相信，挑战不能静待条件成熟的时刻。通过不断调查水源和土质，他推动了水利设施建设和耕地扩展，让部队的生产成果切实改善了军民的生活。几年后，许多曾是荒滩的地方，逐渐发展出农田、道路和居住点。王恩茂与新疆的情感，除了工作的成就外，还有体现于对民众需求的重视。一次，他注意到一位老人希望去北京见毛主席，于是竭力促成了这项愿望，这些细微之处彰显出他在人事决策中的人性关怀。

1952年7月起，王恩茂全面接管新疆工作，十余年间，他经历的挑战不仅关乎经济建设。1962年，伊犁、塔城地区发生了大规模的边民外逃事件，称为“伊塔事件”。虽然外部势力有所煽动，但更深层的原因涉及生活困境、民族关系、政策实施和基层工作的不足。王恩茂不将责任一味归咎外部，而是强调建设新疆的核心在于让各族人民安居乐业。这不仅是他多年来的工作理念，更是一种务实的方式，致力于稳定与发展并重，关注民生。粮食、住房和水利等看似小事，却是决定地方发展根基的关键因素。自1967年起，王恩茂也遭遇政治风波。在北京一次会议上，毛主席问他是否感到被打倒的威胁，他坦言“很危险”，而毛主席则表示对其有信心。然而，由于局势未能迅速转变，1969年，王恩茂被调离新疆，随后调至北京工厂参加劳动。1971年，他被任命为安徽芜湖的地委副书记，对于这位长期负责边疆工作的资深干部而言，这个职位显然不符其能力。不过，尽管有人劝他不去，他依旧认为服从组织安排是基本职责，来到芜湖后，他仍旧积极工作，认真调查，完成职务。在此态度的基础上，他得以再次被重新任用。

1975年，庆祝红军长征胜利40周年之际，王恩茂向毛主席写信，汇报他在芜湖的工作，并希望能重返部队。毛主席阅信后对其分配表示不满，认为王恩茂的才能未获合理发挥。经过邓小平提出的建议后，他调任南京军区副政治委员，再度回到军队领导岗位。这种不满，更多的体现在对人才配置的关切上。1981年，王恩茂重任新疆维吾尔自治区党委主要领导，重新承担起新疆建设的重要任务。2001年，他在北京去世，享年88岁。根据他的遗愿，王恩茂的骨灰安葬在新疆，那片曾因他参与治理、开荒、修渠而焕发生机的土地，成为了他最终的归宿。